Q:
一篇文献中为什么要设计多种不同长度的linker?
A:
目前研究表明,不同linker长度会影响PROTAC活性,但linker长度设计还没有特别成熟的方案,所以设计之初会设计一系列不同长度linker的PROTAC 分子,测试哪种PROTAC 分子活性最佳。
Q:
如果靶蛋白目前还没有报道的小分子配体,能不能设计PROTAC 分子?
A:
如果靶蛋白还没有报道的小分子配体,可以先进行配体筛选,如果蛋白晶体结构已知或有预测的晶体结构,推荐使用虚拟筛选结合实体验证的方式进行配体筛选,可以提高筛选效率,降低筛选成本。当然除小分子配体外,核酸序列,多肽等也可以作为靶蛋白配体用于PROTAC设计。
Q:
如果找你们设计PROTAC 分子,需要提供哪些信息?
A:
需要提供明确的靶蛋白,如果有确定的靶蛋白配体,也提供一下结构,如果对E3泛素酶及linker 有特殊要求,也请提前告知。